Na području Osječko-baranjske županije djeluju vjerske zajednice: Katolička crkva (sjedište Đakovačko-osječke nadbiskupije i crkvene pokrajine u Đakovu) s najvećim brojem župnih crkava, Pravoslavna crkva (sjedište Osječko-poljske i baranjske eparhije u Osijeku), Islamska zajednica, Evanđeoska pentekostna crkva Radosne vijesti (sjedište u Osijeku), Evangelička crkva, Kalvinska crkva, Kršćanska adventistička crkva, Kršćanska baptistička crkva, Reformirana kršćanska crkva, Židovska općina i dr.

Na području Županije smješteno je i 14 katoličkih samostana.

Svoju djelatnost razvijaju i dvije visokoškolske vjerske ustanove: Katolički bogoslovni fakultet u Đakovu te Evanđeoski teološki fakultet s poslijediplomskim studijem u Osijeku.