Ustrojstvo upravnih tijela Županije uređeno je Odlukom o ustrojstvu i djelokrugu upravnih tijela Osječko-baranjske županije ("Županijski glasnik" broj 15/19., 12/20. i 9/21.)
Prema Odluci, upravna tijela Županije su:

Upravna tijela Županije

• Tajništvo Županije
• Upravni odjel za zajedničke poslove
• Upravni odjel za imovinsko-pravne poslove
• Upravni odjel za opću upravu
• Upravni odjel za javne financije
• Upravni odjel za gospodarstvo
• Upravni odjel za investicije i razvojne projekte
• Upravni odjel za poljoprivredu i ruralni razvoj
• Upravni odjel za turizam, kulturu i sport
• Upravni odjel za prostorno uređenje, graditeljstvo i zaštitu okoliša
• Upravni odjel za obrazovanje i mlade
• Upravni odjel za zdravstvo, socijalnu skrb i hrvatske branitelje
• Služba za javnu nabavu
• Služba unutarnje revizije

Upravna tijela Županije osnivaju se za obavljanje upravnih, stručnih i drugih poslova iz samoupravnog djelokruga Županije, i to kao upravni odjeli i stručne službe. Naziv upravnog tijela utvrđuje se odlukom o njegovom osnivanju.
Upravna tijela upravne poslove iz svog djelokruga rada obavljaju u sjedištu Županije, a izvan svoga sjedišta kada je to određeno pravilnikom o unutarnjem redu odnosnog upravnog tijela.
U obavljanju svojih poslova u području za koje su osnovana upravna tijela osobito:

1. prate stanje te predlažu poduzimanje odgovarajućih mjera,
2. pripremaju nacrte akata te izrađuju stručne podloge i materijale,
3. izvršavaju odnosno nadziru izvršavanje općih akata i utvrđene politike, te poduzimaju mjere propisane tim aktima,
4. u izvršavanju općih akata Skupštine donose pojedinačne akte kojima rješavaju o pravima, obvezama i pravnim interesima fizičkih i pravnih osoba, ukoliko donošenje tih akata zakonom ili drugim propisom nije povjereno drugom tijelu,
5. rješavaju po žalbama protiv pojedinačnih akata što ih donose upravna tijela gradova i općina s područja Županije,
6. obavljaju druge poslove koji su im povjereni propisima i općim aktima Skupštine.